微生物代谢教育部重点实验室由中国科学院院士、第三世界院士、美国微生物科学院院士邓子新教授领军。自2005年11月获批建设以来,以微生物代谢途径揭示与改良为目标,开展微生物菌种的筛选、代谢产物的发现和鉴定、代谢基因的克隆、生化和调控机理的解析、新型代谢物的设计和组合生物合成、分解、代谢互作以及代谢产物的生物效应评价等全方位的基础与应用基础研究。研究特色鲜明、实验室定位准确,形成了微生物合成代谢、微生物分解代谢、微生物代谢互作三个相互联系、互为依托的研究方向。
实验室现有专职研究人员51名,其中正高职称20人,具博士学位研究人员41位,占总研究人数的80.4% ,已形成一支出类拔萃的青年生力军。并成功申报2008年微生物代谢途径与代谢工程教育部创新团队和2009年重要微生物合成与分解代谢的分子机理国家基金委创新研究群体。